目前，环保部门接到的环境信访案件，很大一部分是关于畜禽养殖方面的污染问题，特别是集约化养殖过程中产生的气味和水污染。规模化养殖场的环境污染已接近工业污染，逐渐成为农村面源污染的重要来源，治理工作刻不容缓。
畜禽养殖存在的问题主要表现在以下几方面：一是选址未经水政、环保、畜牧等部门的评价和许可。畜禽养殖场遍布各镇(街、区)，而且多靠近村庄农田和河流，污染点多、面广，治理难度大，个别畜牧养殖场排放的养殖废水已对地表水和地下水造成不同程度污染，甚至对水源地安全构成威胁。二是畜禽养殖场治污认识不到位。部分养殖场和个体养殖户主动治理和配合治理的积极性不高，大部分畜禽养殖场没有综合利用和污水治理设施，畜禽养殖污水任意排放。三是有关部门对畜禽养殖场(户)缺乏强有力的监管，对畜禽养殖污染治理工作重视程度不够。四是畜禽养殖污染治理难度大。畜禽养殖分散化、高度密集化，使得产生的废物难收集、难处理，且废物产生量超出农村处理和合理使用的能力，给区域环境容量带来很大的压力。
为解决畜禽养殖污染问题，提出以下几点对策：一是扎实开展养殖行业区域规划工作。针对地区养殖产业发展情况，划定禁养区、限养区和生态养殖区，养殖区尽量远离城区和居民集中生活区。可以由镇村统一协调，将目前的一家一户松散型养殖模式改为区域化集约型养殖。也可以打破镇、村、组的界限，建立几个集中养殖小区，统一规划建设养殖园区，统一配套建设污染防治设施，统一对废水进行集中收集处理，统一对粪便实行综合利用。环保、畜牧等部门建立养殖业环境保护和综合利用方案，并与所有养殖业户签定目标责任书，确保污染物达标排放。
二是切实把好畜牧养殖项目审批关。各级政府要切实履行属地管理职责，把好第一关。在管理上、技术上以及养殖场地建设上逐步深化畜禽养殖污染防治工作。要坚持“限量、提质、增效”和“先规范、后发展”的原则，集中养殖、适度规模，宁可不上项目也坚决不能增加新的污染源。新建养殖场属规模养殖的，必须实行“三分离”(雨污分离、干湿分离、净道与污道分离)、“两配套”(配套沼气池、配套无害化处理设施)和“一结合”(种养结合)方式，对无综合利用措施和污水处理设施的养殖场，坚决不允许建设，确保不出现新的污染点。要督促业主进行环境影响评价，建设符合国家标准的污染防治措施；环保部门要严把审批关，对防护距离和治污设施达不到要求的禽畜养殖场不予审批；畜牧兽医部门要严格备案管理，强化业务指导，积极推广畜牧养殖新技术、新经验。
三是扎实做好规模化养殖污染治理工作。各级各部门要对现有规模养殖场进行升级改造，配套建设污水处理设施和综合利用设施。一要改进养殖方式。通过配套自动饮水机、高压冲洗机、采取定量饮水等科学有效的养殖设备和管理方式，减少不必要的废水产生。二要增建污水处理设施。要督促企业、养殖场(户)抓紧建设防止粪液渗漏、溢流的固体储存场所，并采取遮挡措施，减少气味污染。同时，对养殖场舍必须实行干湿分离、雨污分流，防止因雨水冲刷造成的污水排放。已建成污水处理设施的，要确保设施切实发挥作用，实现养殖废水达标排放。三要加强监管。要对辖区内畜牧养殖场污染情况进行详细摸底调查，在此基础上建立健全畜牧养殖污染整改方案。督促企业加快污染防治设施建设进度，规模化养殖场要限期补办畜牧、环保手续，对信访反映突出、污染排放严重、治理成效不明显的养殖场，要重点整治、限期整改，确实不能达标的要限时关闭或转产。
四是加强宣传教育。要充分利用电视台、报纸、农村广播、宣传栏、明白纸等宣传方式，进一步加强对畜禽养殖业污染治理工作的宣传。宣传环境治理工作的重要意义以及治理中的先进典型和经验做法，曝光一批群众反映集中、社会影响较大的反面案例。充分发挥舆论导向的作用，通过典型榜样的带动，提高广大养殖业主的环保认知度，引导广大养殖业主向生态养殖模式转变。